После событий, описанных в первом эпизоде, прошло много веков. По воле Коварного Аку храбрый самурай попал в будущее из XVI века в XXI век. Сначала он упал на летающие машины. (пародия на Пятый элемент) В этих машинах сидели роботы-убийцы, и они хотели уничтожить самурая. Тогда самурай сам уничтожил несколько машин, упал на землю и не разбился, прыгая по машинам. Это увидела местная «шпана», восхитилась и дала самураю прозвище — Джек. Самурай Джек пошёл в местный паб и заметил, как всё изменилось в мире. Он встретил на своём пути много отвратительных тварей и чудовищ, которых ему пришлось убить. Но здесь он нашёл себе новых друзей — говорящих собак-археологов, которые вели раскопки по велению Аку и узнавали много нового о своей родословной и истории собак древности. Джек очень понравился им, и они решили рассказать ему правду: Через 25 000 лет после исчезновения юного самурая Аку завладел всем миром. Но ему мало было одной планеты — он хотел повелевать вселенной, потому сотрудничал с контрабандистами с разных звёзд и галактик, чтобы захватить эти звёзды и галактики. Появлялись новые чудовища и мерзкие твари, которые заправляли многими учреждениями, а добрые существа, как собаки, друзья человека, или сами люди, работали с утра до ночи и с ночи до утра. Тогда Джек прилетел с собаками на звездолёте туда, где собаки занимались раскопками и постоянно мучились. Джек поставил себе задачу: защитить собак будущего и освободить их.
