Евангелион-03 переправляется в Японию с помощью авиации. Во время полёта самолёт пересекает грозовую тучу, которая, вероятно, являлась ещё одним Ангелом. К тому моменту, когда Еву-03 впервые запустили, она уже была «инфицирована» и немедленно вышла из-под контроля Nerv и пилота — Тодзи. На перехват Евы, теперь идентифицируемой как Ангел, были отправлены все Евангелионы Токио-3. Но Ангел легко расправился с Евой-00 и Евой-02. Когда он встречает Еву-01, управляемую Синдзи, тот отказывается сражаться, так как боится ранить пилота внутри Евы-03. Гэндо приказывает включить систему автопилота.
