В Токио-3 появляется новый Ангел — чёрно-белая сфера, нависшая над городом. Все три Евы были мобилизованы для атаки, но Синдзи, напав первым, вместе с Евой-01 был контратакован Ангелом, проявившим себя в новой форме — огромной чёрной тенью, засасывающей в себя всё подряд. Евангелион-01 был засосан внутрь «моря Дирака»; Nerv начинает планирование новой операции по уничтожению Ангела и спасению Синдзи. Рицуко предлагает самые радикальные меры (сброс N² бомб в «море»), которые могут повлечь уничтожение Евы, если она всё ещё находится там. Синдзи действительно находится внутри Ангела, но не может сам выбраться оттуда; системы жизнеобеспечения могут работать автономно всего семнадцать часов.
