В 1939 году после смерти репрессированного отца Петра Меркурьева, Евгения и ещё троих братьев и сестёр усыновил дядя, брат отца, известный артист Василий Меркурьев. В 1961 году окончил Ленинградский государственный институт театра, музыки и кинематографии (ЛГИТМиК), класс профессора Б.В. Зона. По окончании института он был направлен в театр Петропавловска-на-Камчатке, затем работал в ленинградских театрах - в Театре юного зрителя, в Театре драмы и комедии на Литейном (1971-1974), в Малом драматическом театре, в Молодёжном Театре на Фонтанке. С февраля 1987 года - актер Ленинградского (Санкт-Петербургского) Театра драмы и комедии на Литейном. Был занят в спектаклях "Гамлет", "Великая Екатерина", "Барышня-крестьянка", "Упырь", "Лес", "Вера, Надежда, Любовь (Карамболь)". Последние годы активно снимался в кино. Заслуженный артист РФ (1996). Народный артист РФ (2004). 22 марта 2007 года актёр последний раз вышел на сцену Театра на Литейном в премьерном спектакле по пьесе А.Н. Островского «Банкрот», где сыграл главную роль купца Большова. Трагически погиб днём 27 марта 2007 года. На Ладожском озере в районе Приозёрска во время рыбалки актёр провалился под лёд. Спасти его не удалось. Похоронен Евгений Меркурьев 2 апреля на Смоленском кладбище Санкт-Петербурга.
