Дженнифер Энн Гарнер родилась 17 апреля 1972 года в Хьюстоне (штат Техас, США). Её мать, Патрисия Энн Инглиш — учительница, а отец — Билли Джек Гарнер, инженер-химик. У Дженнифер есть две сестры, старшая и младшая — Меллиса Уайли и Сюзанна Карпентер. В три года Гарнер начала брать уроки балета, которым занималась на протяжении всего детства. Хотя ей, по её собственным словам, и нравилось танцевать, но она никогда не думала о том, чтобы стать классической балериной. Когда Дженнифер было четыре года, в связи с работой отца на компанию Union Carbide семья переехала в Чарлстон, штат Западная Виргиния, где Гарнер жила вплоть до поступления в колледж. В 1990 году Гарнер окончила школу имени Джорджа Вашингтона в Чарлстоне и поступила в Университет Денисона, чтобы изучать химию. Но, осознав, что игра на сцене представляет для неё больший интерес, она сменила специализацию на актёрское ремесло. В 1994 году Гарнер окончила университет и собиралась продолжить актёрское образование в Йельском университете, однако после посещения Нью-Йорка в 1995 году она решила попробовать себя в театре.
